Phân viện Khí tượng Thủy Văn và Môi trường phía Nam có tổ chức bộ máy gồm 05 Phòng và 01 Trạm: Phòng Nghiên cứu Khí tượng Khí hậu, Phòng Nghiên cứu Thủy văn - Tài nguyên Nước, Phòng Nghiên cứu Hải văn, Phòng Nghiên cứu Môi trường, Trạm Thực nghiệm Khí tượng Thủy văn Nông nghiệp ĐBSCL và Phòng Hành chính Tổng hợp.

Các lĩnh vực nghiên cứu:

- Khí tượng–Khí hậu–Khí tượng Nông nghiệp, Tài nguyên khí hậu, dự báo khí tượng, ENSO, biến đổi khí hậu và những ảnh hưởng, điều kiện KTNN và cây trồng

- Thủy văn – Tài nguyên nước: Thủy văn lục địa, thủy văn đô thị, lũ lụt, hạn hán, hồ chứa

- Hải văn: Các đặc trưng hải dương, dòng chảy, thủy triều, sóng, ô nhiễm

- Môi trường / Phòng thí nghiệm Môi trường: Ô nhiễm không khí, chất lượng nước và đất, đánh giá tác động môi trường; Lắng đọng axít, phát thải khí nhà kính và Cơ chế phát triển sạch; Khảo sát, lấy mẫu và phân tích thí nghiệm. Phòng Thí nghiệm Môi trường được công nhận đạt chứng chỉ ISO 17025 - VILAS 284

SƠ ĐỒ TỔ CHỨC BỘ MÁY CỦA PHÂN VIỆN